中心實(shí)行國(guó)家原子能機(jī)構(gòu)及依托單位領(lǐng)導(dǎo)下的中心主任負(fù)責(zé)制。中心設(shè)主任1名，全面負(fù)責(zé)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)、管理、科研、人才等各項(xiàng)工作。設(shè)副主任2名，分工負(fù)責(zé)中心行政、科研等各項(xiàng)工作。

　　中心實(shí)行主任辦公會(huì)和中心辦公會(huì)制度。中心主任辦公會(huì)議由中心主任、副主任參加，討論決定中心的重大事項(xiàng)；中心辦公會(huì)議由中心主任以及下設(shè)各專業(yè)實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人、管理部門負(fù)責(zé)人參加，討論有關(guān)事項(xiàng)，貫徹落實(shí)中心布置的工作。 

　　中心設(shè)立技術(shù)委員會(huì)，由同領(lǐng)域的資深專家、學(xué)者組成，外單位的專家不少于總?cè)藬?shù)的三分之一。技術(shù)委員會(huì)委員由中心正式聘任，技術(shù)委員會(huì)會(huì)議每年至少召開(kāi)一次，技術(shù)委員會(huì)人選名單及正、副主任由中心主任辦公會(huì)推薦，經(jīng)技術(shù)委員會(huì)會(huì)議選舉產(chǎn)生。技術(shù)委員會(huì)負(fù)責(zé)審議中心研究方向，審定研究課題，協(xié)調(diào)開(kāi)放事宜，對(duì)科技成果進(jìn)行咨詢?cè)u(píng)估，對(duì)重大項(xiàng)目進(jìn)行可行性論證。 

　　中心設(shè)立辦公室，并根據(jù)工作需要設(shè)立其他管理部門。辦公室主要負(fù)責(zé)組織召開(kāi)主任辦公會(huì)、技術(shù)委員會(huì)會(huì)議等重大會(huì)議，并負(fù)責(zé)會(huì)議紀(jì)要起草、會(huì)議議定事項(xiàng)督辦落實(shí)；負(fù)責(zé)向上級(jí)單位匯報(bào)，并做好日常與上級(jí)單位及其他單位溝通對(duì)接；負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)兩個(gè)分中心科研項(xiàng)目管理、日常科研經(jīng)費(fèi)管理等。 

　　中心下設(shè)探測(cè)技術(shù)實(shí)驗(yàn)室、核電子學(xué)實(shí)驗(yàn)室、核儀器儀表實(shí)驗(yàn)室、算法與軟件實(shí)驗(yàn)室、工程化實(shí)驗(yàn)室（濟(jì)南）、核技術(shù)應(yīng)用實(shí)驗(yàn)室（惠州）等專業(yè)實(shí)驗(yàn)室。各專業(yè)實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人、管理部門負(fù)責(zé)人負(fù)責(zé)各部門科研、管理工作及布置中心各項(xiàng)工作。