◆ 1950-1959
1950年5月19日，成立“中國(guó)科學(xué)院近代物理所”（即高能所前身），吳有訓(xùn)兼任所長(zhǎng)，錢(qián)三強(qiáng)任副所長(zhǎng)，所址在北京東皇城根甲42號(hào)。
1953年10月6日，中國(guó)科學(xué)院院務(wù)會(huì)議決定將近代物理所更名為“中國(guó)科學(xué)院物理研究所”。
1958年7月1日，更名為原子能研究所，物理研究所（中關(guān)村）為一部，在京郊房山坨里建立新的研究基地為二部。
◆ 1970-1979
1972年8月18日，中國(guó)科學(xué)院原子能研究所原副所長(zhǎng)張文裕等18位同志寫(xiě)信給周恩來(lái)總理，提出發(fā)展高能物理必須建造高能加速器，建議建立我國(guó)自己的粒子物理實(shí)驗(yàn)基地。
1972年9月11日，周恩來(lái)總理復(fù)信張文裕、朱光亞，對(duì)高能物理研究和高能加速器的預(yù)制研究工作作出指示：“這件事不能再延遲了?？茖W(xué)院必須把基礎(chǔ)科學(xué)和理論研究抓起來(lái)，同時(shí)又要把理論研究與科學(xué)實(shí)驗(yàn)結(jié)合起來(lái)。高能物理研究和高能加速器的預(yù)制研究，應(yīng)該成為科學(xué)院要抓的主要項(xiàng)目之一?！?/p>
1973年2月1日，根據(jù)周恩來(lái)總理批示同意的二機(jī)部、中國(guó)科學(xué)院《關(guān)于高能物理研究和高能加速器預(yù)制研究的報(bào)告》，在原子能研究所一部的基礎(chǔ)上成立“中國(guó)科學(xué)院高能物理研究所”，所長(zhǎng)張文裕。
1975年12月23日，周恩來(lái)總理和鄧小平副總理批準(zhǔn)國(guó)家計(jì)委的《關(guān)于加速器預(yù)制研究和建造問(wèn)題的報(bào)告》，“七五三”工程啟動(dòng)。
1977年11月，華國(guó)鋒主席、黨中央批準(zhǔn)《關(guān)于加快建設(shè)高能物理實(shí)驗(yàn)中心的請(qǐng)示報(bào)告》，“八七”工程啟動(dòng)。
1978年1月6日，方毅同志接見(jiàn)即將赴西德電子同步加速器研究所丁肇中實(shí)驗(yàn)小組學(xué)習(xí)的唐孝威等十位同志。
1978年9月1日，高能所恢復(fù)研究生招生，錄取首批研究生。
1979年1月31日，鄧小平同志訪美期間中美雙方簽訂了科學(xué)技術(shù)合作協(xié)議。為促進(jìn)在高能物理領(lǐng)域內(nèi)的合作，由方毅同志代表國(guó)家科委與美國(guó)能源部部長(zhǎng)施萊辛格簽訂了《中華人民共和國(guó)國(guó)家科學(xué)技術(shù)委員會(huì)和美利堅(jiān)合眾國(guó)能源部在高能物理領(lǐng)域進(jìn)行合作的執(zhí)行協(xié)議》，這是中美科學(xué)技術(shù)合作協(xié)議的第一個(gè)執(zhí)行協(xié)議。
◆ 1980-1989
1981年5月4日至7日，國(guó)家科委“八七”工程指揮部和中國(guó)科學(xué)院數(shù)理學(xué)部聯(lián)合召開(kāi)“高能物理玉泉路研究基地調(diào)整方案論證會(huì)”。
1981年9月22日至25日，中國(guó)科學(xué)院數(shù)理學(xué)部在北京召開(kāi)“2.2GeV正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)預(yù)制研究方案論證會(huì)”，討論了高能所提出的注入器、儲(chǔ)存環(huán)和探測(cè)器的預(yù)制研究項(xiàng)目，決定開(kāi)展對(duì)撞機(jī)工程預(yù)制研究。
1982年1月21日，向中國(guó)科學(xué)院報(bào)送《玉泉路工程調(diào)整計(jì)劃任務(wù)書(shū)》，計(jì)劃建造一臺(tái)2×22億電子伏正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)。
1982年3月23日，啟動(dòng)對(duì)撞機(jī)工程預(yù)制研究，下發(fā)《調(diào)整加速器和實(shí)驗(yàn)物理各研究室機(jī)構(gòu)的通知》，決定設(shè)立電子直線加速器研究室、儲(chǔ)存環(huán)研究室、質(zhì)子直線加速器及應(yīng)用研究室、自動(dòng)控制及束流測(cè)量研究室、第一實(shí)驗(yàn)物理研究室、第二實(shí)驗(yàn)物理研究室，撤銷加速器及實(shí)驗(yàn)物理原有各室。
1982年6月19日，派出由21名科技人員組成的考察組到美國(guó)斯坦福直線加速器中心進(jìn)行設(shè)計(jì)考察，完成了對(duì)撞機(jī)工程初步設(shè)計(jì)，基本確定加速器的主要參數(shù)。
1982年12月17日，我國(guó)第一臺(tái)自主設(shè)計(jì)制造的質(zhì)子直線加速器首次引出能量為10MeV的質(zhì)子束流，脈沖流強(qiáng)達(dá)到14mA。
1983年4月25日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)國(guó)家計(jì)委《關(guān)于審批2×22億電子伏正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)建設(shè)計(jì)劃的請(qǐng)示報(bào)告》。工程包括兩項(xiàng)建設(shè)內(nèi)容，新建一臺(tái)能量為2×22億電子伏正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)；將在建的10MeV質(zhì)子直線加速器擴(kuò)展到35MeV。
1983年12月，中央書(shū)記處第一○三次會(huì)議決定將北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)工程列入國(guó)家重點(diǎn)工程建設(shè)項(xiàng)目，并成立對(duì)撞機(jī)工程領(lǐng)導(dǎo)小組。
1984年5月23日，高能所自主研制的高空氣球載硬X射線望遠(yuǎn)鏡HAPI-1在河北香河發(fā)放成功，飛行高度33km，飛行時(shí)間8小時(shí)，在我國(guó)首次實(shí)現(xiàn)平流層高度上對(duì)蟹狀星云脈沖星33毫秒周期信號(hào)的X射線觀測(cè)，觀測(cè)能段20-200keV。這是3萬(wàn)立方米高空氣球的成功應(yīng)用。
1984年6月25日至7月4日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)工程擴(kuò)初設(shè)計(jì)審查會(huì)在京召開(kāi)。會(huì)議通過(guò)了技術(shù)審查小組對(duì)工程的審查報(bào)告，并建議國(guó)家有關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)這項(xiàng)工程的擴(kuò)初設(shè)計(jì)。
1984年10月7日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)工程破土動(dòng)工，鄧小平等黨和國(guó)家領(lǐng)導(dǎo)人親自為工程奠基。
1985年1月11日，中國(guó)科學(xué)院批準(zhǔn)高能所試行博士后研究制度。
1985年8月12日，35MeV質(zhì)子直線加速器首次調(diào)試出束。
1985年9月22日，高能所首次成功發(fā)放10萬(wàn)立方米高空氣球，用球載HAPI-2硬X射線望遠(yuǎn)鏡實(shí)現(xiàn)了對(duì)黑洞候選體天鵝座X-1能量譜的成功觀測(cè)，獲得的通量值低于其常規(guī)態(tài)。
1986年5月6日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)工程總體安裝正式開(kāi)始。谷羽、林宗棠、岳致中等同志及300多位代表出席安裝開(kāi)工典禮。
1986年8月，高能所通過(guò)衛(wèi)星電話線路實(shí)現(xiàn)了北京高能所到瑞士日內(nèi)瓦歐洲核子研究中心（CERN）的計(jì)算機(jī)遠(yuǎn)程登錄，發(fā)出了中國(guó)的第一封電子郵件。
1988年8月，高能所通過(guò)衛(wèi)星數(shù)據(jù)通訊線路建立了北京高能所到瑞士日內(nèi)瓦歐洲核子研究中心（CERN）的計(jì)算機(jī)X.25連接，高能所的VAX785計(jì)算機(jī)成為中國(guó)第一臺(tái)連入國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)的計(jì)算機(jī)，節(jié)點(diǎn)名為BEPC2.IHEP.CERN.CH。
1988年10月16日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)實(shí)現(xiàn)正負(fù)電子對(duì)撞。
1988年10月24日，鄧小平等黨和國(guó)家領(lǐng)導(dǎo)人視察北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)，慰問(wèn)參加工程建設(shè)的代表。鄧小平同志發(fā)表了“中國(guó)必須在世界高科技領(lǐng)域占有一席之地”的重要講話。
1989年5月，北京35MeV質(zhì)子直線加速器及其應(yīng)用裝置通過(guò)鑒定。
1989年9月，北京譜儀（BES）開(kāi)始物理實(shí)驗(yàn)。
1989年10月6日，江澤民同志視察北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)。
◆ 1990-1999
1990年1月，位于西藏羊八井的超高能γ天文觀測(cè)空氣簇射陣列建成，開(kāi)始記錄超高能宇宙線引發(fā)的簇射事例。
1990年7月21日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)工程通過(guò)國(guó)家驗(yàn)收。后獲得1990年度國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)特等獎(jiǎng)。
1991年8月，國(guó)家計(jì)劃委員會(huì)正式批復(fù)成立北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室（計(jì)科技[1991]1241號(hào)）。
1991年，同步輻射裝置從調(diào)試轉(zhuǎn)入試運(yùn)行，并首次向國(guó)內(nèi)用戶開(kāi)放。
1991年，計(jì)算中心國(guó)際網(wǎng)絡(luò)與美國(guó)斯坦福直線加速器中心（SLAC）及國(guó)家能源超級(jí)計(jì)算中心（NERSC）聯(lián)接，提高數(shù)據(jù)通訊性能。
1991年9月10日，朱镕基同志視察北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)。
1991年12月，北京35MeV質(zhì)子直線加速器獲國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)。
1992年1月20日，北京譜儀圓滿結(jié)束了τ輕子質(zhì)量測(cè)量實(shí)驗(yàn)工作，共獲取了積分亮度達(dá)5000nb-1的數(shù)據(jù)。
1993年1月7日，高能所“τ輕子質(zhì)量的精確測(cè)定結(jié)果”入選1992年度全國(guó)十大科技成就。
1993年3月，高能所建成了與美國(guó)SLAC連接的64K數(shù)據(jù)通訊網(wǎng)絡(luò)，與世界各高能物理實(shí)驗(yàn)中心相聯(lián)，并為國(guó)內(nèi)60余個(gè)研究單位和大學(xué)提供電子郵件和信息檢索服務(wù)。
1993年5月，中科院批準(zhǔn)《北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)改進(jìn)項(xiàng)目可行性研究報(bào)告》、《北京譜儀改進(jìn)項(xiàng)目可行性研究報(bào)告》。
1993年5月26日，北京自由電子激光裝置成功產(chǎn)生紅外受激輻射，在亞洲地區(qū)近十臺(tái)紅外譜區(qū)自由電子激光裝置中為首次。
1993年12月28日，“北京自由電子激光裝置成功實(shí)現(xiàn)飽和振蕩”入選1993年度全國(guó)十大科技成就。
1994年5月，高能所的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)正式加入國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)，并建成我國(guó)第一個(gè)WWW網(wǎng)站。
1994年9月16日，胡錦濤同志視察北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)。
1994年11月，完成了中日合作羊八井實(shí)驗(yàn)站的擴(kuò)建，擴(kuò)建后的廣延大氣簇射陣列覆蓋面積超過(guò)6萬(wàn)平方米，成為國(guó)際四大高能γ天文和宇宙線研究陣列之一。
1996年1月16日，成立高能所宇宙線與高能天體物理開(kāi)放實(shí)驗(yàn)室。
1996年4月12日，溫家寶同志視察高能所。
1998年10月9日，撤銷電子直線室、儲(chǔ)存環(huán)室、自動(dòng)控制室，組建加速器科學(xué)技術(shù)研究與開(kāi)發(fā)中心。
1999年2月7日，“北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)/北京譜儀/北京同步輻射裝置改進(jìn)”項(xiàng)目順利通過(guò)鑒定。
1999年6月28日，國(guó)務(wù)院科教領(lǐng)導(dǎo)小組決定增加對(duì)北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)運(yùn)行改進(jìn)與未來(lái)發(fā)展R&D的經(jīng)費(fèi)。
◆ 2000-2009
2000年2月29日，路甬祥、白春禮等院領(lǐng)導(dǎo)來(lái)所傳達(dá)院黨組“關(guān)于我國(guó)高能物理和加速器發(fā)展戰(zhàn)略目標(biāo)的決定”。
2000年5月22日至24日，中國(guó)高能物理發(fā)展戰(zhàn)略研討會(huì)在高能所召開(kāi)。
2000年7月27日，國(guó)務(wù)院科教領(lǐng)導(dǎo)小組審議并通過(guò)《關(guān)于我國(guó)高能物理和先進(jìn)加速器發(fā)展目標(biāo)的匯報(bào)》，同意對(duì)北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)進(jìn)行重大改造。
2001年1月10日，高能所宇宙線高能天體物理開(kāi)放實(shí)驗(yàn)室研制的神舟-X射線探測(cè)器隨載人航天系列神舟二號(hào)飛船發(fā)射升空，實(shí)現(xiàn)了我國(guó)在該領(lǐng)域的突破。
2001年4月6日，中科院院長(zhǎng)辦公會(huì)議批準(zhǔn)高能所進(jìn)入知識(shí)創(chuàng)新工程二期試點(diǎn)。
2001年8月17日，撤銷物理一室、物理二室、宇宙線室，將物理一室和物理二室的一部分組成實(shí)驗(yàn)物理中心，將物理二室的另一部分和宇宙線室組成非加速器物理研究中心。
2002年1月15日，“我國(guó)粲夸克偶素物理實(shí)驗(yàn)研究獲重大進(jìn)展”入選2001年中國(guó)基礎(chǔ)研究十大新聞。
2002年6月14日，非加速器物理研究中心改稱粒子天體物理研究中心。
2002年12月25日，國(guó)家計(jì)委辦公會(huì)審議通過(guò)《北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程項(xiàng)目建議書(shū)》。
2003年2月10日，國(guó)務(wù)院辦公會(huì)議批準(zhǔn)北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程（BEPCII）項(xiàng)目建議書(shū)。
2003年3月12日，國(guó)家計(jì)委向中科院下達(dá)了《印發(fā)國(guó)家計(jì)委關(guān)于審批中國(guó)科學(xué)院北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程（BEPCII）項(xiàng)目建議書(shū)的請(qǐng)示的通知》，正式批準(zhǔn)了BEPCII項(xiàng)目，工程總投資估算為人民幣6.4億元，建設(shè)期5年。
2003年11月8日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)改進(jìn)與未來(lái)發(fā)展專項(xiàng)北京同步輻射裝置改進(jìn)項(xiàng)目通過(guò)驗(yàn)收。
2003年12月16日，中科院批準(zhǔn)北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程初步設(shè)計(jì)及概算。
2003年12月30日，中科院批復(fù)北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程開(kāi)工報(bào)告。至此，BEPCII完成全部立項(xiàng)過(guò)程。
2004年1月17日， BEPCII工程動(dòng)員大會(huì)在高能所召開(kāi)，工程正式進(jìn)入全面實(shí)施階段。中科院院長(zhǎng)路甬祥到會(huì)，對(duì)BEPCII的建設(shè)和高能所的工作作了重要指示。
2004年10月15日，溫家寶總理在中南海紫光閣接見(jiàn)李政道教授和參加第25次中美高能物理合作聯(lián)合委員會(huì)會(huì)議的美方代表。
2004年11月19日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程取得階段性進(jìn)展，電子直線加速器完成設(shè)備安裝并調(diào)試出束。
2005年2月28日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室用戶中心正式成立。
2005年7月4日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)正式結(jié)束了17年的運(yùn)行。BEPCII工程新的雙環(huán)儲(chǔ)存環(huán)開(kāi)始建設(shè)。
2006年1月6日，北京譜儀國(guó)際合作組在高能所和美國(guó)夏威夷大學(xué)同時(shí)宣布觀測(cè)到一個(gè)新粒子，暫時(shí)命名其為X(1835)。
2006年2月5日，同步輻射研究室、核分析室和自由電子激光室合并成立多學(xué)科研究中心。
2006年11月18日，BEPCII 儲(chǔ)存環(huán)完成調(diào)試，成功積累了束流。
2006年12月25日，BEPCII正式開(kāi)始為用戶提供同步輻射光，按計(jì)劃實(shí)現(xiàn)了年底為同步輻射用戶供束的目標(biāo)，圓滿完成了第二階段的任務(wù)。
2007年1月21日，由中國(guó)科學(xué)院院士、中國(guó)工程院院士投票評(píng)選的2006年世界十大科技進(jìn)展新聞和中國(guó)十大科技進(jìn)展新聞在北京揭曉。“北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程獲關(guān)鍵性突破”入選中國(guó)十大科技進(jìn)展新聞。
2007年2月13日，中科院院長(zhǎng)路甬祥、廣東省省長(zhǎng)黃華華在廣州簽署合作備忘錄，雙方將共同向國(guó)家申請(qǐng)?jiān)趶V東省東莞市建設(shè)中國(guó)散裂中子源。高能所所長(zhǎng)陳和生與東莞市市長(zhǎng)李毓全簽署《中國(guó)科學(xué)院高能物理研究所與東莞市人民政府共建東莞散裂中子源國(guó)家實(shí)驗(yàn)室協(xié)議書(shū)》。高能所將在東莞市設(shè)立分部，作為中國(guó)散裂中子源項(xiàng)目暨廣東東莞散裂中子源國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的法人單位。
2007年2月15日， 2006年度“中國(guó)基礎(chǔ)研究十大新聞”的評(píng)選結(jié)果揭曉，高能所“北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)上發(fā)現(xiàn)一個(gè)新粒子——X(1835)”居首，高能所與中科院南京地質(zhì)古生物所古生物專家合作獲得的成果“找到前寒武紀(jì)兩側(cè)對(duì)稱動(dòng)物演化的有力證據(jù)”位列第二。
2007年4月26日，廣東東莞中子科學(xué)中心在松山湖科技產(chǎn)業(yè)園區(qū)正式掛牌，作為高能所在廣東分部設(shè)立前的過(guò)渡法人機(jī)構(gòu)。
2007年9月6日，中國(guó)科學(xué)院大科學(xué)裝置理論物理研究中心成立。
2007年10月13日，大亞灣反應(yīng)堆中微子實(shí)驗(yàn)在深圳中廣核大亞灣核電基地破土動(dòng)工。
2007年11月28日，高能所研制的嫦娥一號(hào)衛(wèi)星有效載荷X射線譜儀10月24日搭載“嫦娥一號(hào)”衛(wèi)星發(fā)射升空后，在環(huán)月軌道對(duì)設(shè)備首次開(kāi)機(jī)獲得成功。
2007年12月23日，中科院基礎(chǔ)局組織專家對(duì)BEPCII直線加速器的技術(shù)性能進(jìn)行了現(xiàn)場(chǎng)測(cè)試。測(cè)試結(jié)果表明，BEPCII直線加速器的總體和各系統(tǒng)的性能全面達(dá)到設(shè)計(jì)要求，建成后的近兩年來(lái)，運(yùn)行穩(wěn)定可靠，機(jī)器性能達(dá)到了同類裝置的國(guó)際先進(jìn)水平。
2008年3月24日，BEPCII同步輻射專用模式通過(guò)中科院基礎(chǔ)局組織的工藝測(cè)試。
2008年7月19日，BEPCII加速器與北京譜儀聯(lián)合調(diào)試對(duì)撞成功，觀測(cè)到了正負(fù)電子對(duì)撞產(chǎn)生的物理事例，標(biāo)志著建設(shè)任務(wù)圓滿完成。
2008年11月4日，溫家寶總理來(lái)所視察北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程，并與科學(xué)家進(jìn)行了座談。國(guó)務(wù)委員劉延?xùn)|陪同考察。
2009年5月13日凌晨，在1.89 GeV能量下BEPCII的對(duì)撞亮度達(dá)到3.01×1032cm-2s-1，達(dá)到亮度的驗(yàn)收指標(biāo)。
2009年7月17日，BEPCII工程通過(guò)由國(guó)家發(fā)展和改革委員會(huì)組織的驗(yàn)收。國(guó)家發(fā)改委副主任張曉強(qiáng)、中科院常務(wù)副院長(zhǎng)白春禮任驗(yàn)收組組長(zhǎng)。
◆ 2010-現(xiàn)在
2010年1月13日，2009年“中國(guó)基礎(chǔ)研究十大新聞”評(píng)選揭曉，“北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)重大改造工程通過(guò)國(guó)家竣工驗(yàn)收”居首。
2010年1月25日，中國(guó)散裂中子源工程指揮部第一次會(huì)議在廣東省召開(kāi)。散裂中子源工程指揮部總指揮、高能所所長(zhǎng)陳和生主持會(huì)議。
2010年3月，高能所參加的“繞月探測(cè)工程”任務(wù)榮獲國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)特等獎(jiǎng)。
2011年3月，國(guó)防科工局和財(cái)政部正式批復(fù)硬X射線調(diào)制望遠(yuǎn)鏡衛(wèi)星工程立項(xiàng)。
2011年10月20日，中國(guó)散裂中子源在廣東東莞舉行工程奠基典禮，國(guó)務(wù)委員劉延?xùn)|、廣東省委書(shū)記汪洋、中科院院長(zhǎng)白春禮等有關(guān)領(lǐng)導(dǎo)出席典禮并為工程奠基。
2012年2月14日，謝家麟院士榮獲2011年度國(guó)家最高科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)。
2012年3月8日，大亞灣中微子實(shí)驗(yàn)國(guó)際合作組宣布發(fā)現(xiàn)一種新的中微子振蕩模式，并精確測(cè)量到其振蕩幾率。這是中微子研究領(lǐng)域里程碑式的成果，在國(guó)內(nèi)外學(xué)術(shù)界引起了強(qiáng)烈反響。
2012年8月24日，國(guó)務(wù)委員劉延?xùn)|視察大亞灣中微子實(shí)驗(yàn)站。
2012年12月20日，大亞灣中微子實(shí)驗(yàn)成果入選美國(guó)《科學(xué)》評(píng)選的年度十大科學(xué)突破。
2013年2月16日，中共中央政治局委員、國(guó)務(wù)委員劉延?xùn)|來(lái)到高能所，看望春節(jié)期間堅(jiān)守在北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)值守崗位上的科研人員。
2013年2月19日，高能所正式成立東莞分部。
2013年3月26日，北京譜儀III（BESIII）實(shí)驗(yàn)國(guó)際合作組宣布發(fā)現(xiàn)新的共振結(jié)構(gòu)Zc(3900)。Zc(3900)含有粲夸克和反粲夸克，且?guī)в泻碗娮酉嗤蛳喾吹碾姾?，提示其中至少含有四個(gè)夸克，可能是科學(xué)家們長(zhǎng)期尋找的一種奇特強(qiáng)子。
2013年7月17日，中共中央總書(shū)記、國(guó)家主席、中央軍委主席習(xí)近平到高能所考察工作。在王貽芳所長(zhǎng)的介紹下，他仔細(xì)察看對(duì)撞機(jī)加速器模型、儲(chǔ)存環(huán)等，了解該所在粒子物理、先進(jìn)加速器技術(shù)、先進(jìn)射線技術(shù)領(lǐng)域的發(fā)展成就和建設(shè)世界級(jí)科研中心的計(jì)劃。王滬寧、劉延?xùn)|、栗戰(zhàn)書(shū)陪同考察。
2013年8月22日，大亞灣中微子實(shí)驗(yàn)國(guó)際合作組首次公布了對(duì)中微子質(zhì)量平方差的測(cè)量結(jié)果。
2013年9月12日，“射線成像探測(cè)器、電子學(xué)工程化開(kāi)發(fā)平臺(tái)”通過(guò)北京市科委政策法規(guī)與體制改革處及北京技術(shù)交易促進(jìn)中心組織的驗(yàn)收。
2013年9月30日，美國(guó)物理學(xué)會(huì)在網(wǎng)站公布，由于“領(lǐng)導(dǎo)大亞灣中微子實(shí)驗(yàn)首次確定地測(cè)量出中微子混合矩陣的θ13”，授予王貽芳2014 年潘諾夫斯基實(shí)驗(yàn)粒子物理學(xué)獎(jiǎng)。這是我國(guó)科學(xué)家首次獲得該獎(jiǎng)項(xiàng)。
2013年11月14日，核探測(cè)與核電子學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室順利通過(guò)國(guó)家科技部組織的建設(shè)驗(yàn)收。
2013年11月15日，中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)“江門(mén)中微子實(shí)驗(yàn)”舉行了專項(xiàng)啟動(dòng)會(huì)暨第一次工作會(huì)議，江門(mén)中微子實(shí)驗(yàn)正式立項(xiàng)。
2013年12月5日，CERN宣布SCOAP3計(jì)劃（Sponsoring Consortium for Open Access Publishing in Particle Physics）將于2014年1月1日開(kāi)始正式實(shí)施，《中國(guó)物理C》是該計(jì)劃支持的唯一中國(guó)學(xué)術(shù)期刊。
2013年12月23日，嫦娥三號(hào)玉兔號(hào)月球車的科學(xué)載荷之一——粒子激發(fā)X射線譜儀在落月后首次加電成功，并完成了月表標(biāo)定打靶測(cè)試。設(shè)備工作穩(wěn)定，性能指標(biāo)與地面測(cè)試結(jié)果一致。
2013年12月25日，粒子激發(fā)X射線譜儀完成了首次月面元素的就位分析。從探測(cè)能譜中識(shí)別出11種月球主量(Mg、Al、Si、K、Ca、Ti、Cr和Fe)和微量(Sr、Y和Zr)元素，能譜分辨(~135eV@5.9keV)達(dá)到國(guó)際先進(jìn)水平。
2013年12月30日，美國(guó)物理學(xué)會(huì)主編的《物理》雜志日公布了2013年國(guó)際物理領(lǐng)域重要成果，“發(fā)現(xiàn)四夸克物質(zhì)”位列11項(xiàng)成果之首。
2014年1月10日，美國(guó)化學(xué)會(huì)著名無(wú)機(jī)化學(xué)期刊Inorganic Chemistry在線發(fā)表高能所核能放射化學(xué)實(shí)驗(yàn)室在核廢料處理方面的最新研究成果——采用新穎的四齒鄰菲羅啉二酰胺配體高效選擇萃取分離錒系元素，這是迄今為止文獻(xiàn)報(bào)道的對(duì)錒系元素組分離最有效的萃取劑，有望應(yīng)用于高放射性廢液中錒系元素的組分離。
2014年1月11日，高能所研制的ADS注入器I RFQ功率源系統(tǒng)完成研制和測(cè)試，性能指標(biāo)達(dá)到了設(shè)計(jì)要求，其中PSM電源為國(guó)內(nèi)首次研制，性能指標(biāo)達(dá)到國(guó)際同類電源的先進(jìn)水平。
2014年1月12日，嫦娥三號(hào)粒子激發(fā)X射線譜儀（APXS）進(jìn)行了第二月晝期的首次加電，完成一次在軌標(biāo)定工作，獲得了約半小時(shí)的定標(biāo)譜。工作期間，APXS所有遙測(cè)和工程參數(shù)均正常，作為月球車上唯一的艙外科學(xué)載荷成功度過(guò)月夜。APXS設(shè)計(jì)的探測(cè)、定標(biāo)、距離感知和月夜生存四項(xiàng)功能全部完成在軌驗(yàn)證。
2014年1月22日，中國(guó)科學(xué)院粒子物理前沿卓越創(chuàng)新中心成立，中國(guó)科學(xué)院副院長(zhǎng)詹文龍為中心揭牌。該中心依托高能所建設(shè)，主要參與單位有中國(guó)科學(xué)院大學(xué)、中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)、清華大學(xué)、北京大學(xué)、山東大學(xué)、南京大學(xué)、上海交通大學(xué)、北京航空航天大學(xué)、南開(kāi)大學(xué)、中科院理論物理所等。
2014年2月11日，英國(guó)皇家化學(xué)會(huì)著名化學(xué)期刊Chemical Communications在線發(fā)表了高能所在錒系超分子構(gòu)建方面的重要成果——首個(gè)錒系元素金屬聚輪烷的合成與表征過(guò)程。這是國(guó)際上成功合成的首個(gè)錒系元素金屬聚輪烷，該成果有望為核廢料處理與處置提供一個(gè)新的思路和方法。
2014年2月20日，2013年度中國(guó)科學(xué)十大進(jìn)展發(fā)布，“北京譜儀III觀測(cè)到一種包含至少4個(gè)夸克的帶電粒子”入選2013年度“中國(guó)科學(xué)十大進(jìn)展”。
2014年3月15日，“國(guó)家環(huán)境保護(hù)汞污染防治工程技術(shù)中心”啟動(dòng)建設(shè)。該中心將根據(jù)環(huán)保部汞污染防治及國(guó)際履約需要，開(kāi)展技術(shù)研究工作，為環(huán)保部汞污染防治工作提供技術(shù)支持，成為公益型污染治理技術(shù)的研究機(jī)構(gòu)。
2014年8月15日，高海拔宇宙線觀測(cè)站（LHAASO）簽署中科院-四川省共建協(xié)議，標(biāo)志著宇宙線科學(xué)研究歷史上第二大單項(xiàng)地面實(shí)驗(yàn)的選址完成。
2014年9月1日，ADS先導(dǎo)專項(xiàng)325MHz/3.2MeV連續(xù)波（CW）強(qiáng)流質(zhì)子RFQ加速器調(diào)束取得重要進(jìn)展，在流強(qiáng)大于10 mA的情況下束流占空比達(dá)到70%、平均束流功率達(dá)到22kW以上，高頻平均功率達(dá)到315 kW以上，束流傳輸效率達(dá)到95%以上，這是國(guó)內(nèi)自主研制的首臺(tái)高頻率、高連續(xù)波功率、高束流占空比狀態(tài)下運(yùn)行的RFQ加速器。在這個(gè)頻段上束流平均功率位于世界先進(jìn)水平。
2014年9月22日，高能所大亞灣反應(yīng)堆中微子實(shí)驗(yàn)研究集體榮獲全國(guó)專業(yè)技術(shù)人才先進(jìn)集體稱號(hào)。中科院共有2個(gè)先進(jìn)集體入選。
2014年10月15日，散裂中子源工程加速器首臺(tái)設(shè)備——負(fù)氫離子源進(jìn)入隧道安裝，標(biāo)志著該項(xiàng)目的建設(shè)即將進(jìn)入設(shè)備安裝階段。
2014年11月19日，BEPCII在設(shè)計(jì)能量（1.89GeV）下，620mA雙束對(duì)撞，對(duì)撞亮度再創(chuàng)新高，達(dá)到了8.04×1032cm-2s-1。
2014年12月16日，2014中國(guó)最具國(guó)際影響力學(xué)術(shù)期刊暨中國(guó)學(xué)術(shù)期刊國(guó)際、國(guó)內(nèi)引證報(bào)告發(fā)布會(huì)發(fā)布了“2014中國(guó)最具國(guó)際影響力學(xué)術(shù)期刊”名單，由中國(guó)物理學(xué)會(huì)、高能所和近代物理研究所主辦的Chinese Physics C入選。
2015年1月10日，江門(mén)中微子實(shí)驗(yàn)在廣東省江門(mén)市開(kāi)平市金雞鎮(zhèn)召開(kāi)建設(shè)啟動(dòng)會(huì)，這是由我國(guó)主持的第二個(gè)大型中微子實(shí)驗(yàn)。
2015年2月12日，高能同步輻射光源驗(yàn)證裝置（HEPS-TF）項(xiàng)目建議書(shū)獲得國(guó)家發(fā)展改革委批復(fù)，成為第一個(gè)獲得項(xiàng)建書(shū)批復(fù)的“十二五”國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施。
2015年7月9日，國(guó)內(nèi)首臺(tái)具有完全自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的乳腺診斷正電子發(fā)射斷層成像系統(tǒng)（簡(jiǎn)稱乳腺PET）獲得國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理總局（CFDA）頒發(fā)的國(guó)家三類醫(yī)療器械注冊(cè)證，獲準(zhǔn)進(jìn)入市場(chǎng)銷售及臨床應(yīng)用。
2015年7月14日，北京同步輻射裝置成功實(shí)現(xiàn)恒流注入運(yùn)行，束流流強(qiáng)控制在250mA±0.1mA，達(dá)到了國(guó)際先進(jìn)水平，這是BSRF在提高性能方面的又一重要里程碑。
2015年11月3日至4日，第36次中美高能物理合作聯(lián)合委員會(huì)會(huì)議在美國(guó)勞倫斯伯克利國(guó)家實(shí)驗(yàn)室召開(kāi)。
2015年11月9日，2016年科學(xué)突破獎(jiǎng)獲獎(jiǎng)名單在美國(guó)加州硅谷美國(guó)宇航局艾姆斯研究中心揭曉。中國(guó)科學(xué)院高能物理研究所王貽芳研究員、美國(guó)伯克利國(guó)家實(shí)驗(yàn)室陸錦標(biāo)教授及大亞灣中微子實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)獲2016年基礎(chǔ)物理學(xué)突破獎(jiǎng)。這是中國(guó)科學(xué)家和以中國(guó)科學(xué)家為主的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)首次獲得該獎(jiǎng)項(xiàng)。
2015年12月31日，國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施“高海拔宇宙線觀測(cè)站”由國(guó)家發(fā)改委批準(zhǔn)立項(xiàng)。
2016年1月4日，“科學(xué)家小行星命名儀式”在釣魚(yú)臺(tái)國(guó)賓館舉行。一顆國(guó)際編號(hào)為32928的小行星由國(guó)際天文學(xué)聯(lián)合會(huì)正式命名為“謝家麟星”。
2016年2月26日，高能同步輻射光源驗(yàn)證裝置可行性研究報(bào)告獲得國(guó)家發(fā)展改革委批復(fù)。
2016年4月5日，北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)對(duì)撞亮度達(dá)到1×10^33/cm^2/s，標(biāo)志著對(duì)撞機(jī)的性能達(dá)到改造前的100倍。
2017年6月15日，硬X射線調(diào)制望遠(yuǎn)鏡衛(wèi)星“慧眼”在酒泉衛(wèi)星發(fā)射中心發(fā)射升空，順利進(jìn)入預(yù)定軌道。
2017年8月28日，中國(guó)散裂中子源首次打靶成功獲得中子束流。
2017年11月9日，中國(guó)散裂中子源打靶束流重復(fù)頻率達(dá)到了25Hz的設(shè)計(jì)指標(biāo)，打靶的平均質(zhì)子束流功率超過(guò)10kW，提前達(dá)到了打靶束流功率的驗(yàn)收指標(biāo)。
2017年12月15日，國(guó)家發(fā)展改革委批復(fù)了高能同步輻射光源（HEPS）國(guó)家重大科學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施項(xiàng)目建議書(shū)。
2018年1月30日，硬X射線調(diào)制望遠(yuǎn)鏡衛(wèi)星“慧眼”完成在軌測(cè)試任務(wù)，正式交付用戶單位高能所使用。
2018年3月25日，中國(guó)散裂中子源通過(guò)了中科院組織的工藝鑒定和驗(yàn)收。這標(biāo)志著CSNS工程按期、高質(zhì)量地完成了全部工程建設(shè)任務(wù)。
2018年8月23日，中國(guó)散裂中子源順利通過(guò)國(guó)家驗(yàn)收，投入正式運(yùn)行。
2018年12月28日，國(guó)家發(fā)展改革委批復(fù)了高能同步輻射光源（HEPS）國(guó)家重大科學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施可行性研究報(bào)告。
2019年6月29日，高能同步輻射光源在懷柔科學(xué)城啟動(dòng)建設(shè)。
